注意一：
自然人股权转让目前实行“先税后证”，也就是公司在做自然人股东工商变更之前，必须由主管税务部门审核并完税，申报财产转让所得的个税和产权转移数据的印花税。
这个是有法律依据的。《中华人民共和国个人所得税法》（2018年修正）第十五条规定：个人转让股权办理变更登记的，市场主体登记机关应当查验与该股权交易相关的个人所得税的完税凭证。
注意二：
自然人股权转让，一定要注意转让价格是否明显偏低，若是平价或者低价转让是否存在正当理由，因为转让价格明显偏低又无正当理由的，存在被税务按照净资产比例核定法重新核定股权转让的价格的税务风险。
注意三：
自然人股权转让，若是平价或者低价转让，这四种情况下是属于有正当理由，个税风险不大。
依据《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》(国家税务总局公告2014年第67号)，第十三条 符合下列条件之一的股权转让收入明显偏低，视为有正当理由：
（一）能出具有效文件，证明被投资企业因国家政策调整，生产经营受到重大影响，导致低价转让股权；
（二）继承或将股权转让给其能提供具有法律效力身份关系证明的配偶、父母、子女、祖父母、外祖父母、孙子女、外孙子女、兄弟姐妹以及对转让人承担直接抚养或者赡养义务的抚养人或者赡养人；
（三）相关法律、政府文件或企业章程规定，并有相关资料充分证明转让价格合理且真实的本企业员工持有的不能对外转让股权的内部转让；
（四）股权转让双方能够提供有效证据证明其合理性的其他合理情形。
注意四：
自然人股权转让中，只要是签订了转让协议，并已签订生效，不管受让方是否支付了转让款，都需要缴纳股权转让个税。
注意五：
自然人股权转让，一定要注意转让前公司账面上净资产金额大小，尽量选择亏损的时候或者净资产金额小的情况下进行股权转让，这样面临的个税风险较小。
注意六：
自然人股权转让，个人将持有的公司股权转让给个人持有的一人有限公司，该行为不满足国家税务总局公告2014年第67号第十三条的合理理由，照样需要就股权转让所得缴税个税。
注意七：
自然人股权转让，对于想通过不公允增资扩股、不公允分红、或者利用减资撤资再增资等达到股权转让减少个税的目的，这样变通也是有税务风险的！对于不符合公允价值，也不符合正常的商业逻辑的，进行利益转移嫌疑的，税务局有权按照《个人所得税法》第八条有关反避税条款核定相关各方的个人所得税等。
《新个人所得税法》第八条 有下列情形之一的，税务机关有权按照合理方法进行纳税调整：
（一）个人与其关联方之间的业务往来不符合独立交易原则而减少本人或者其关联方应纳税额，且无正当理由；
（二）居民个人控制的，或者居民个人和居民企业共同控制的设立在实际税负明显偏低的国家（地区）的企业，无合理经营需要，对应当归属于居民个人的利润不作分配或者减少分配；
（三）个人实施其他不具有合理商业目的的安排而获取不当税收利益。
税务机关依照前款规定作出纳税调整，需要补征税款的，应当补征税款，并依法加收利息。
注意八：
自然人股权代持中，代持股还原，一定要注意需要按照股权转让征收个税的。代持股还原（名义股东还原为实际股东）其实就是税务上的股权转让，当然需要按照国税2014年的67号公告来征收股权转让的个人所得税。因此尽量选择有亲属关系的人来股权代持。
注意九：
自然人股权转让中， 若是账面上存在高溢价资产而且占比资产总额的20%以上了，主管税务机关可参照纳税人提供的具有法定资质的中介机构出具的资产评估报告核定股权转让收入。
